尽管有益微生物占绝大多数，但仍有少数微生物（被称为 “病原微生物”）能突破人体防御系统，引发感染性疾病。了解它们的致病机制和传播途径，是科学防控的关键：
不同类群的病原微生物，引发的疾病类型和症状差异显著：
细菌致病：多通过产生毒素或侵袭组织引发疾病。例如，破伤风杆菌在伤口深处繁殖，产生破伤风毒素，导致肌肉强直痉挛；霍乱弧菌在肠道内大量繁殖，产生霍乱毒素，引发剧烈腹泻和呕吐，严重时可导致脱水休克。
病毒致病：病毒需寄生在人体细胞内复制，破坏细胞功能。例如，流感病毒侵袭呼吸道上皮细胞，引发发热、咳嗽、乏力等症状；新冠病毒通过刺突蛋白结合人体细胞的 ACE2 受体，入侵肺部及其他器官，导致肺炎等严重疾病；乙肝病毒则长期寄生在肝细胞内，可能引发慢性肝炎、肝硬化甚至肝癌。
真菌致病：多在人体免疫力下降时引发感染，分为浅部感染和深部感染。例如，红色毛癣菌侵犯皮肤角质层，引发脚气（足癣）、手癣；白色念珠菌在免疫力低下者（如艾滋病患者、长期使用抗生素者）体内过度繁殖，可能引发口腔念珠菌病（鹅口疮）、肺部念珠菌感染。
