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微生物限度仪的操作分为仪器准备、样品过滤、滤膜转移、培养计数四大步骤，每个环节的规范操作是保证结果准确的关键。
仪器消毒：实验前开启超净工作台紫外灯照射 30min，关闭紫外灯后通风 10min；用 75% 酒精擦拭限度仪的滤器底座、支架、管路等接触部位，杀灭表面杂菌。
滤器组装：在超净工作台内，将灭菌后的滤膜平铺在滤器底座上，确保滤膜与底座完全贴合，无褶皱、无气泡；盖上滤器上盖，旋紧固定螺丝，避免过滤时样品渗漏。
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