微生物限度仪的操作分为仪器准备、样品过滤、滤膜转移、培养计数四大步骤，每个环节的规范操作是保证结果准确的关键。
仪器消毒：实验前开启超净工作台紫外灯照射 30min，关闭紫外灯后通风 10min；用 75% 酒精擦拭限度仪的滤器底座、支架、管路等接触部位，杀灭表面杂菌。
滤器组装：在超净工作台内，将灭菌后的滤膜平铺在滤器底座上，确保滤膜与底座完全贴合，无褶皱、无气泡；盖上滤器上盖，旋紧固定螺丝，避免过滤时样品渗漏。
缓冲液润洗：向滤器中加入适量无菌生理盐水或缓冲液，开启限度仪真空泵，润洗滤膜及管路，排出管路内空气，同时检查装置是否漏气。
样品制备：根据样品类型制备供试液 —— 固体样品（如药品粉末、食品原料）需用无菌生理盐水溶解并稀释至适宜浓度；液体样品（如饮用水、化妆品溶液）可直接取样或稀释后取样；高浓度样品需梯度稀释，确保滤膜上的菌落数在 30–300CFU 范围内，便于计数。
过滤操作：将制备好的供试液倒入滤器中，开启真空泵，调节真空度至 0.05–0.08MPa（真空度过高易导致滤膜破裂，过低则过滤效率低）；若样品体积较大，可分批次添加，避免滤器溢出。
滤膜冲洗：样品过滤完成后，向滤器中加入无菌生理盐水或缓冲液冲洗滤膜 3 次，每次冲洗体积为 50–100mL，目的是洗去样品基质中的抑菌成分（如防腐剂、抗生素），提高微生物的存活率。