过滤系统：包括滤头和滤膜。滤头通常由不锈钢等耐腐蚀材料制成，可安装滤膜，且一般设计有多个滤头，以便同时处理多个样品。滤膜的孔径大小有多种规格，常见的为 0.45μm，能有效截留样品中的微生物。
抽滤系统：由真空泵、抽滤瓶、连接管道和阀门组成。真空泵提供抽滤动力，通过产生负压使样品通过滤膜。抽滤瓶用于收集过滤后的液体，与滤头和真空泵相连形成完整抽滤通路。连接管道和阀门则连接各个部件，控制液体和气体的流向，调节抽滤速度和压力。
控制系统：包含控制面板和传感器。控制面板是操作界面，用户可通过它设置抽滤时间、压力等参数，控制真空泵的启动和停止。传感器实时监测抽滤过程中的压力、时间等参数，并将数据反馈给控制系统，以便及时调整抽滤条件。
支架和底座：支架支撑滤头、抽滤瓶等部件，使其保持稳定位置关系。底座提供仪器整体支撑，使仪器放置平稳，通常还设计有防滑装置。
辅助部件：部分仪器配备灭菌部件，如滤头可进行高温高压灭菌，防止引入外源微生物。还有废液收集装置，用于收集和处理过滤后的废液，避免污染环境。
通过真空泵形成负压环境，使待检测液体样品通过微孔滤膜过滤，小于滤膜微孔的微生物被截留富集在滤膜上，然后将滤膜转移至固体培养基上进行培养、计数，从而检测供试品内的含菌量。